U SEKTORU ZA KONTROLU DRŽAVNE POMOĆI vrše se poslovi koji se odnose na: vođenje upravnog postupka i rješavanje u pojedinačnim upravnim stvarima iz oblasti državne pomoći; prikupljanje, obrada i praćenje podataka o planiranoj državnoj pomoći; kontrolu usklađenosti prijavljene državne pomoći sa Zakonom o kontroli državne pomoći (prethodna kontrola), procjena usklađenosti državne pomoći odnosno davanje mišljenja na predložene akte (šeme) koje potencijalno mogu predstavljati državnu pomoć, pokretanje ispitnog postupka u vezi sa potencijalnom državnom pomoći, kontrolu usklađenosti dodijeljene državne pomoći i namjenskog korišćenja dodijeljene državne pomoći sa Zakonom o kontroli državne pomoći (naknadna kontrola); postupanje u slučajevima neposredne kontrole korišćenja dodijeljene državne pomoći, prikupljanje podataka o korišćenju i efektima dodijeljene državne pomoći; praćenje, realizaciju i efekte dodijeljene državne pomoći; nalaže povraćaj nezakonite i neusklađene državne pomoći: priprema zahtjeva za pokretanje prekršajnog postupka nadležnom sudu i /ili prekršajnih naloga; davanje mišljenja na zahtjev organa državne uprave, nadležnog organa lokalne samouprave i pravnog lica koje upravlja i raspolaže sredstvima iz javnih prihoda i državnom imovinom u skladu sa zakonom u pripremi propisa i drugih akata kojima se uređuju pitanja u vezi dodjele državne pomoći, kao i u postupku njihovog donošenja; vođenje evidencije državne pomoći; promovisanje i podsticanje unaprjeđenja sistema kontrole državne pomoći; kontrolu sprovođenja naloženih mjera; pripremanje stručne osnove za izradu nacrta zakona i podzakonskih akata iz oblasti državne pomoći; praćenje usklađenosti zakona i podzakonskih propisa kako iz oblasti državne pomoći tako i onih na osnovu kojih se potencijalno može dodijeliti državna pomoć, sa standardima i regulativama Evropske Unije; ostvarivanje saradnje sa međunarodnim organizacijama nadležnim za kontrolu državnih pomoći; sačinjavanje i objavljivanje statističkih podataka o postupcima pred Agencijom i vršenje drugih poslova u skladu sa zakonom i priprema godišnjeg izvještaja.

U Odsjeku za utvrđivanje usklađenosti državne pomoći vrše se poslovi koji se odnose na: vođenje upravnog postupka i rješavanje u pojedinačnim upravnim stvarima iz oblasti državne pomoći; prikupljanje, obradu i praćenje podataka o planiranoj državnoj pomoći; utvrđivanje usklađenosti prijavljene državne pomoći sa Zakonom o kontroli državne pomoći (prethodna kontrola), davanje mišljenja na predložene akte (šeme) koje potencijalno mogu predstavljati državnu pomoć, davanje mišljenja na zahtjev organa državne uprave, nadležnog organa lokalne samouprave i pravnog lica koje upravlja i raspolaže sredstvima iz javnih prihoda i državnom imovinom u skladu sa zakonom u pripremi propisa i drugih akata kojima se uređuju pitanja u vezi dodjele državne pomoći, kao i u postupku njihovog donošenja; vođenje evidencije državne pomoći; podsticanje unaprjeđenja sistema kontrole državne pomoći; pripremanje stručne osnove za izradu nacrta zakona i podzakonskih akata iz oblasti državne pomoći; praćenje usklađenosti zakona i podzakonskih propisa kako iz oblasti državne pomoći tako i onih na osnovu kojih se potencijalno može dodijeliti državna pomoć, sa standardima i regulativama Evropske Unije; ostvarivanje saradnje, sa međunarodnim organizacijama nadležnim za kontrolu državnih pomoći; sačinjavanje i objavljivanje statističkih podataka o postupcima pred Agencijom i vršenje drugih poslova u skladu sa zakonom i priprema godišnjeg izvještaja o dodijeljenoj državnoj pomoći.

U Odsjeku za neposrednu kontrolu vrše se poslovi koji se odnose na: pokretanje ispitnog postupka u vezi sa potencijalnom državnom pomoći, kontrolu usklađenosti dodijeljene državne pomoći i namjenskog korišćenja dodijeljene državne pomoći sa Zakonom o kontroli državne pomoći (naknadna kontrola); postupanje u slučajevima neposredne kontrole korišćenja dodijeljene državne pomoći, prikupljanje podataka o korišćenju i efektima dodijeljene državne pomoći; praćenje, realizaciju i efekte dodijeljene državne pomoći; priprema prijedloge u dijelu naloga za povraćaj nezakonite i neusklađene državne pomoći; podnošenje zahtjeva za pokretanje prekršajnog postupka nadležnom sudu i /ili prekršajnih naloga; kontrolu sprovođenja naloženih mjera.